«Une étude qui dérange»: essaie-t-on vraiment d'étouffer la dangerosité des vaccins sur les enfants?

Présenté en tournée de projections-débats à travers la France en juin 2026, le documentaire «Une étude qui dérange» (An Inconvenient Study) exhume une étude du Henry Ford Health System associant vaccination infantile et maladies chroniques, dont la publication a été annulée. Ses détracteurs y voient des biais méthodologiques rédhibitoires; d'autres, le symptôme d'un consensus devenu difficile à interroger. Nous avons soumis cette étude à un expert. Voici ce qu'il en a conclu.

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Une étude réalisée au sein du Henry Ford Health System aux États-Unis a récemment suscité une vive controverse. Intitulée Impact of Childhood Vaccination on Short and Long-Term Chronic Health Outcomes in Children: A Birth Cohort Study (Impact de la vaccination infantile sur les issues de santé chroniques à court et à long terme chez les enfants: une étude de cohorte de naissance), elle rapporte une association statistique entre la vaccination infantile et plusieurs maladies chroniques, notamment l'asthme, certaines maladies auto-immunes et divers troubles neurodéveloppementaux.

Les résultats sont suffisamment importants pour attirer l'attention. Selon les auteurs, les enfants exposés à la vaccination présentaient davantage de diagnostics de maladies chroniques que les enfants n'ayant reçu aucun vaccin.

Quelques explications s'imposent

L'étude n'a jamais été publiée dans une revue scientifique à comité de lecture. Pour ses détracteurs, cette absence de publication s'explique simplement: le travail souffrirait de biais méthodologiques suffisamment importants pour empêcher toute conclusion fiable. Ils soulignent notamment les différences de recours au système de santé entre les groupes, l'absence de certaines variables socio-économiques, ainsi que plusieurs facteurs de confusion potentiels qui pourraient expliquer tout ou partie des résultats observés.

Ces critiques sont légitimes. Toute étude observationnelle est vulnérable aux biais. Aucune analyse statistique ne peut totalement éliminer le risque de confusion résiduelle. Une association, même forte, ne constitue jamais une preuve de causalité.

Mais une autre lecture existe: pour certains observateurs, l'absence de publication ne résulte pas uniquement de considérations méthodologiques. Elle traduirait également la difficulté croissante à publier des résultats susceptibles de remettre en question des positions institutionnelles largement acceptées. Selon cette interprétation, toute étude suggérant un effet indésirable potentiel des vaccins se trouve soumise à un niveau de scrutin particulièrement élevé, parfois supérieur à celui appliqué à d'autres travaux.

«Les études rapportant des résultats conformes aux attentes ont davantage de chances d'être publiées»

Je ne prétends pas savoir quelle interprétation est la bonne. En revanche, je pense que cette question mérite d'être posée.

Car le biais de publication est une réalité parfaitement documentée. Depuis plusieurs décennies, de nombreux chercheurs ont montré que les études rapportant des résultats conformes aux attentes ont davantage de chances d'être publiées que celles qui les contredisent. Ce phénomène n'est pas spécifique à la vaccination. Il a été observé dans la recherche pharmaceutique, en psychiatrie, en cardiologie, en oncologie et dans de nombreux autres domaines de la médecine.

Reconnaître cette réalité ne signifie pas adhérer à une théorie du complot. Cela signifie simplement admettre que la production des connaissances scientifiques est un processus humain, donc imparfait.

Dans le même temps, il serait tout aussi erroné de conclure qu'une étude est nécessairement correcte parce qu'elle dérange le consensus. L'histoire des sciences regorge d'hypothèses séduisantes qui se sont révélées fausses lorsqu'elles ont été soumises à des vérifications indépendantes.

C'est pourquoi le débat ne devrait pas opposer les partisans et les adversaires de la vaccination. La véritable question est la suivante: une étude comme celle-ci doit-elle être réfutée par des données meilleures qu'elle, ou simplement écartée parce qu'elle remet en cause une conclusion largement admise? Autrement dit, la science doit-elle répondre aux résultats dérangeants par davantage de science ou par leur marginalisation? À mes yeux, c'est là que se situe le véritable enjeu.

«La science ne progresse pas lorsque les questions deviennent interdites»

L'étude du Henry Ford Health System (que nous appellerons Lamerato, du nom de son auteur principal) est peut-être méthodologiquement insuffisante. C'est possible. Mais elle est peut-être également le signal d'une question scientifique insuffisamment explorée. C'est également possible.

La seule manière de le savoir n'est ni de l'ériger en vérité ni de l'enterrer. La seule manière de le savoir est de reproduire l'étude, dans d'autres populations, avec d'autres équipes, selon des protocoles encore plus rigoureux. La science ne progresse pas lorsque les questions deviennent interdites. Elle progresse lorsque les hypothèses, même dérangeantes, sont soumises à l'épreuve des faits.

Les biais méthodologiques de l'étude Lamerato...

L'un des arguments les plus fréquemment avancés pour justifier la non-publication de l'étude de Lamerato et collaborateurs est l'existence de biais méthodologiques importants. Selon ses critiques, ces biais seraient suffisamment sérieux pour empêcher toute conclusion fiable concernant la relation entre vaccination infantile et maladies chroniques.

Cette critique mérite évidemment d'être examinée avec attention. Aucune étude scientifique n'est parfaite et toute recherche observationnelle comporte des limitations. Cependant, une question fondamentale apparaît immédiatement: les défauts reprochés à cette étude sont-ils réellement exceptionnels ou retrouve-t-on les mêmes limitations dans des travaux publiés et largement acceptés par la communauté scientifique?

Cette question est essentielle car elle touche au principe même de cohérence méthodologique. Une étude ne devrait pas être jugée en fonction de ses conclusions mais en fonction de la qualité de sa méthode. Si certaines limitations sont considérées comme acceptables lorsqu'une étude conclut à l'absence de risque, elles devraient logiquement l'être également lorsqu'une étude suggère l'existence d'un risque. À l'inverse, si ces limitations rendent une étude irrecevable, alors ce standard devrait être appliqué uniformément à l'ensemble de la littérature.

...justifient-ils la non-publication de l'étude?

Or, lorsqu'on examine les principales études ayant contribué à établir le consensus actuel sur la sécurité vaccinale, on constate rapidement que nombre d'entre elles reposent sur des méthodes très similaires à celles utilisées par Lamerato.

L'étude de Jain et collaborateurs publiée dans le JAMA en 2015 est un bon exemple. Cette étude, souvent citée pour réfuter un lien entre vaccination ROR et autisme, est une étude observationnelle rétrospective. Elle n'est pas randomisée. Les enfants vaccinés et non vaccinés n'ont pas été répartis au hasard. Les chercheurs ont dû recourir à des ajustements statistiques pour tenter de corriger les différences existantes entre les groupes. Malgré la qualité remarquable de la base de données utilisée, il demeure impossible d'exclure totalement l'existence de facteurs de confusion non mesurés. Pourtant, personne ne considère que ces limitations suffisent à invalider l'ensemble de ses conclusions.

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(Re)lire notre article: L'étude explosive sur la vaccination des enfants trop gênante pour être publiée

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Le même constat peut être fait pour la vaste étude danoise d'Hviid et collaborateurs, publiée en 2019 dans les Annals of Internal Medicine. Cette étude portant sur plus de 650'000 enfants est fréquemment présentée comme l'une des démonstrations les plus solides de l'absence de lien entre vaccination ROR et autisme. Pourtant, là encore, il s'agit d'une étude observationnelle. Les auteurs ont dû ajuster leurs analyses pour de multiples facteurs susceptibles d'influencer les résultats. Ils reconnaissent eux-mêmes que certains facteurs de confusion peuvent ne pas avoir été mesurés ou être imparfaitement contrôlés. Comme toute étude de cohorte, elle permet d'observer des associations mais ne peut démontrer formellement une causalité.

Le parallèle devient encore plus intéressant lorsque l'on examine la question du recours aux soins, probablement la critique la plus souvent adressée à l'étude de Lamerato.

Les auteurs de cette dernière étude ont observé que les enfants non vaccinés consultaient moins fréquemment le système de santé que les enfants vaccinés. Les critiques considèrent que cette différence pourrait conduire à un sous-diagnostic artificiel de certaines pathologies dans le groupe non vacciné. Cet argument est tout à fait recevable. Un enfant qui consulte moins souvent a mécaniquement moins d'occasions de recevoir un diagnostic de trouble du développement, de trouble du langage ou de certaines maladies chroniques.

Cependant, ce problème n'est nullement spécifique à l'étude Lamerato.

Traitement de défaveur?

Dès 2002, DeStefano et collaborateurs, dans une étude publiée dans le Pediatric Infectious Disease Journal sur le risque d'asthme après vaccination, reconnaissaient déjà que les différences de recours aux soins constituaient une difficulté méthodologique majeure. Les auteurs avaient dû mettre en place des analyses complémentaires pour tenter de limiter l'impact de ce biais.

Plus récemment encore, les chercheurs du Vaccine Safety Datalink, programme de surveillance du CDC américain, ont consacré un document méthodologique entier à cette question. Ils y reconnaissent explicitement que les enfants partiellement vaccinés ou non vaccinés présentent souvent des comportements de recours aux soins différents de ceux des enfants vaccinés, créant ainsi un risque de biais de détection et de sous-diagnostic.

Cette observation n'est d'ailleurs pas restée théorique. Les équipes du Vaccine Safety Datalink ont poursuivi cette réflexion dans plusieurs publications méthodologiques ultérieures.

En 2018, Daley et collaborateurs ont analysé les risques de confusion et de mauvaise classification susceptibles d'affecter les études portant sur la sécurité du calendrier vaccinal. Les auteurs soulignaient que les familles choisissant des schémas vaccinaux différents présentent souvent des caractéristiques particulières, parfois difficiles à mesurer ou à prendre complètement en compte dans les analyses statistiques. Ils reconnaissaient également que les erreurs de classification de l'exposition vaccinale ou de certains facteurs de risque pouvaient influencer les résultats observés.

La même année, Newcomer et collaborateurs se sont intéressés spécifiquement aux conséquences des erreurs de classification diagnostique dans les études de sécurité vaccinale. Leur analyse montrait que même des erreurs relativement modestes dans l'identification des maladies étudiées pouvaient modifier sensiblement les estimations de risque obtenues dans les études observationnelles. Là encore, l'objectif n'était pas de remettre en question les vaccins mais de rappeler les difficultés inhérentes à ce type de recherche.

Ces publications sont particulièrement intéressantes car elles ne proviennent pas de critiques de la vaccination mais des chercheurs mêmes chargés de surveiller sa sécurité. Elles montrent que plusieurs des biais aujourd'hui invoqués contre l'étude de Lamerato étaient déjà identifiés depuis longtemps comme des défis méthodologiques majeurs de l'ensemble de la recherche observationnelle en vaccinologie.

Cela ne signifie évidemment pas que les résultats de Lamerato sont corrects. Cela signifie en revanche que la simple existence de ces biais ne suffit pas, à elle seule, à trancher la question. Si ces limitations sont considérées comme inhérentes à l'étude de la sécurité vaccinale, alors le véritable débat porte moins sur leur présence que sur leur ampleur et sur la manière dont elles sont prises en compte dans l'interprétation des résultats.

Autrement dit, l'un des principaux arguments utilisés contre l'étude Lamerato correspond à une difficulté reconnue de longue date dans l'ensemble de la recherche vaccinale observationnelle.

La même observation peut être faite concernant les facteurs de confusion non mesurés. Les critiques soulignent que l'étude de Lamerato ne disposait pas d'informations détaillées sur l'allaitement maternel, l'alimentation, le niveau socio-économique, l'environnement familial ou encore certaines habitudes de vie susceptibles d'influencer le risque de maladies chroniques. Là encore, la critique est légitime. Mais combien d'études de sécurité vaccinale disposent réellement de l'ensemble de ces informations? La réponse est simple: très peu.

«Toutes les études observationnelles comportent des biais»

La plupart des grandes études reposent sur des bases de données administratives ou des registres de santé qui ne contiennent qu'une partie de ces variables. Les chercheurs utilisent alors des ajustements statistiques pour réduire le risque de confusion sans pouvoir jamais l'éliminer complètement. Cette réalité est si largement reconnue que la quasi-totalité des publications épidémiologiques comporte une section entière consacrée aux limites liées à la confusion résiduelle.

Il est donc important de comprendre ce qui est réellement en jeu: le problème n'est pas de savoir si l'étude de Lamerato comporte des biais. Elle en comporte incontestablement. Comme toutes les études observationnelles. Le problème n'est pas non plus de savoir si ces biais doivent être discutés. Ils doivent l'être.

La véritable question est de déterminer si les limitations observées sont d'une gravité telle qu'elles justifient à elles seules l'exclusion du débat scientifique, alors que des études reposant sur des méthodes comparables ont été publiées dans les revues les plus prestigieuses et servent aujourd'hui de fondement à de nombreuses recommandations de santé publique.

Car si les mêmes limitations sont tolérées lorsqu'elles conduisent à des résultats rassurants mais deviennent rédhibitoires lorsqu'elles conduisent à des résultats inquiétants, alors la discussion ne porte plus seulement sur la méthodologie. Elle porte également sur la manière dont la communauté scientifique sélectionne les résultats qu'elle considère dignes d'être publiés, discutés ou ignorés.

Et c'est précisément à cet endroit que la question du biais de publication rejoint celle du biais méthodologique. La science ne progresse pas en appliquant des standards différents selon la conclusion obtenue. Elle progresse lorsque les mêmes règles sont appliquées à tous, y compris aux résultats qui dérangent. Le vrai débat n'est donc peut-être pas cette étude. Le vrai débat est de savoir si nous sommes encore capables d'examiner sereinement des résultats qui bousculent nos certitudes.

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Le film Une étude qui dérange, traduit en français, est disponible ici:

https://www.youtube.com/watch?v=8BxKmZE3EvA